Le premier investissement de Thermobois fut la construction d'un hangar à copeaux de bois qui pouvait accueillir 13'000 m³c à Courchavon. Suite à la tempête Lothar, ce dernier sera agrandi en 2001, avec une capacité de stockage d'environ 20'000 m³c.

Le bois provient des forêts communales et publiques ainsi que des forêts privées appartenant aux membres de la société (environ 20% des forêts jurassiennes sont en mains privées). La matière première est habituellement constituée des cimes des arbres (partie sommitale du tronc en dessous de 20-30 cm de diamètre) ou de petits bois provenant des éclaircies de peuplements.

Les coupes de bois sont effectuées par les services forestiers communaux et domaniaux ainsi que par des entreprises de bûcheronnage privées. A noter que les coûts de façonnage peuvent être réduits d'environ 25% si les cimes sont laissées entières pour être déchiquetées. D'autre part, le nettoyage des parterres de coupe est grandement simplifié (effectué en 2 heures/ha, contre plusieurs jours en cas d'ébranchage classique des houppiers et production de bois d'industrie ou de feu).

La récolte est réalisée à l'aide d'un porteur (engin à 8 roues motrices, avec grue équipée d'un grappin-scie). Il rassemble les houpppiers non ébranchés, les tronçonne en morceau de 5 à 6 m de longueur et les dépose en tas en bordure des chemins forestiers. Le porteur est exploité par la société Thermobois. Son intervention est à la charge du propriétaire forestier qui y trouve son compte grâce aux économies engendrées par cette méthode de travail.

Les cimes sont ensuite déchiquetées en forêt par Thermobois, qui est équipé d'une déchiqueteuse mobile  Bruks, entraînée par un moteur Scania de 450 CV, et un moteur de traction Deutz de 225 CV. 20 m³c peuvent être déchiquetés en 15 min ce qui porte la production journalière à environ 320 m³c. La machine dispose d'une benne de 21 m³c qu'elle vide régulièrement dans les bennes routières. Le transport des copeaux vers le lieu de stockage ou directement chez le client est sous-traité à une entreprise privée et effectué au moyen de bennes de 43 m³c portées par camions 4 essieux.

Le bois-énergie livré aux petites chaufferies est homogénéisé, séché et criblé. Le criblage est effectué dans l'entrepôt de Courchavon par un employé de Thermobois. Il permet également le dépoussiérage du combustible ce qui réduit la formation de poussières lors des livraisons ainsi que la production de cendres. Les copeaux qui sont stockés de 3 à 12 mois dans l'entrepôt de Courchavon voient leur taux d'humidité passer de 50 à 60% à moins de 30% d'humidité relative.

Les livraisons sont réalisées au moyen d'une benne à tapis, d'une benne-pompe ou d'une simple benne basculante. Cette dernière permet le déversement de l'énergie-bois directement dans de grosses fosses. La benne-pompe rend possible la livraison de bois déchiqueté jusque dans les locaux qui se trouvent éloignés du camion ou qui sont situés à l'étage. Dans ce cas, le déversement se fait en 40 minutes pour un volume de 40 m³c. La benne à tapis est utilisée pour le remplissage de silos à plain-pied ou pour le déversement contrôlé dans des fosses.